1897年（光緒23年），英國(guó)在與清政府簽訂的《中英緬甸條約》中，迫使清政府開放廣東的三水等地為通商口岸，并在三江匯合處——如今的三水市河口經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)，建立了“三水海關(guān)稅務(wù)司公署”，俗稱“三水關(guān)”，是當(dāng)時(shí)廣東的三大關(guān)之一，藉以征收過往船只稅費(fèi)；1925年，國(guó)民黨政府也在同一地點(diǎn)上設(shè)置了“馬口海關(guān)”，直到1949年才撤消。

1986年7月，佛山海關(guān)三水工作組成立，后來(lái)發(fā)展成為科級(jí)辦事處。

1993年7月，乘三水撤縣建市的東風(fēng)，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，中華人民共和國(guó)三水海關(guān)正式設(shè)立！同年10月16日正式掛牌,正式成立。

三水海關(guān)受廣州海關(guān)直接領(lǐng)導(dǎo)，關(guān)區(qū)管轄范圍包括佛山市三水區(qū)的9個(gè)鎮(zhèn)（街道）。主要業(yè)務(wù)種類有：監(jiān)管進(jìn)出境運(yùn)輸車輛、來(lái)往港澳小型船舶、監(jiān)管進(jìn)出口貨物、征收關(guān)稅和其他稅費(fèi)，辦理轄區(qū)內(nèi)“三資”企業(yè)、保稅倉(cāng)庫(kù)的注冊(cè)登記、報(bào)關(guān)員的注冊(cè)登記，加工貿(mào)易企業(yè)的合同備案、核銷與執(zhí)行中期的核查、稽查、查緝走私違法活動(dòng)，編制海關(guān)統(tǒng)計(jì)等。