在海南自由貿易港的政策制度體系中，特殊的稅收制度被賦予了更重要的地位。按照零關稅、低稅率、簡稅制、強法治、分階段的原則，逐步建立與高水平自由貿易港相適應的稅收制度。

零關稅。全島封關運作前，對部分進口商品，免征進口關稅、進口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅。全島封關運作、簡并稅制后，對進口征稅商品目錄以外、允許海南自由貿易港進口的商品，免征進口關稅。

2.低稅率。對在海南自由貿易港實質經營的企業(yè)，實行企業(yè)所得稅優(yōu)惠稅率。對符合條件的個人，實行個人所得稅優(yōu)惠稅率。

3.簡稅制。結合我國稅制改革方向，探索推進簡化稅制。改革稅種制度，降低間接稅比例，實現(xiàn)稅種結構簡單科學、稅制要素充分優(yōu)化、稅負水平明顯降低、收入歸屬清晰、財政收支大體均衡。

4.強法治。稅收管理部門按實質經濟活動所在地和價值創(chuàng)造地原則對納稅行為進行評估和預警，制定簡明易行的實質經營地、所在地居住判定標準，強化對偷漏稅風險的識別，防范稅基侵蝕和利潤轉移，避免成為“避稅天堂”。積極參與國際稅收征管合作，加強涉稅情報信息共享。加強稅務領域信用分類服務和管理，依法依規(guī)對違法失信企業(yè)和個人采取相應措施。

5.分階段。按照海南自由貿易港建設的不同階段，分步驟實施零關稅、低稅率、簡稅制的安排，最終形成具有國際競爭力的稅收制度。